Dal punto di vista marino costiero l’area è situata in una zona di transizione tra le acque maggiormente trofiche a nord della Toscana e quelle più oligotrofiche a Sud. Questo tratto di costa è caratterizzato da fondali prevalentemente rocciosi che scendono piuttosto repentinamente dalla superficie fino a – 10 e poi – 52 metri. A circa 250 metri dalla linea di costa inizia una falesia che forma uno scalino che, da 20 metri di profondità, raggiunge rapidamente i 40-45 metri, seguita da fondale fangoso.

L’eterogeneità morfologica dell’area crea una molteplicità di ambienti che permette lo sviluppo di differenti comunità (specialmente di coralligeno) e contribuisce al mantenimento di un’elevata biodiversità.

Già lungo la scogliera, nell’area mesolitorale, dove l’azione del mare ha favorito la formazione di cavità che presentano al suo interno ecosistemi articolati, dimorano organismi tipici degli ambienti profondi o sciafili. Inoltre, le antiche cave di arenaria, conosciute come piscine per il loro caratteristico aspetto, fungono da vere e proprie nurseries.

La falesia oltre i 20 mt di profondità è caratterizzata da tratti di parete verticale con numerose cavità ed anfratti irregolari di diverse dimensioni che costituiscono ambienti ideali per l’insediamento di popolazioni di corallo rosso. Il corallo rosso dell’area di Calafuria è, da più di dieci anni, oggetto di ricerche da parte della comunità scientifica e, l’aspetto più straordinario, è che in questa zona il popolamento a corallo si trova già ad una profondità di 21 metri.